文章摘要
王鹤潼,宋婕,崔伟娜,曹霞,何蕾,贾春云,惠秀娟,台培东,成智博,刘宛.植物位点特异性甲基化研究的引物设计及PCR体系优化[J].农业环境科学学报,2016,35(9):1686-1693.
植物位点特异性甲基化研究的引物设计及PCR体系优化
Primer design and PCR condition optimization for plant site-specific methylation
投稿时间:2016-02-02  
DOI:10.11654/jaes.2016-0173
中文关键词: 植物甲基化  引物设计  Taq酶  PCR条件
英文关键词: plant methylation  primer design  Taq polymerase  PCR condition
基金项目:国家自然科学基金项目(21347007,41272255,41472237);国家科技重大专项(2012ZX7505-001)
作者单位E-mail
王鹤潼 中国科学院沈阳应用生态研究所污染生态与环境工程重点实验室, 沈阳 110016
辽宁何氏医学院, 沈阳 110163 
 
宋婕 辽宁大学, 沈阳 110036  
崔伟娜 上海应用技术学院, 上海 201418  
曹霞 沈阳农业大学, 沈阳 110866
通辽市农业科学研究院蔬菜所, 内蒙古 通辽 028000 
 
何蕾 辽宁大学, 沈阳 110036  
贾春云 中国科学院沈阳应用生态研究所污染生态与环境工程重点实验室, 沈阳 110016  
惠秀娟 中国科学院沈阳应用生态研究所污染生态与环境工程重点实验室, 沈阳 110016  
台培东 中国科学院沈阳应用生态研究所污染生态与环境工程重点实验室, 沈阳 110016  
成智博 中国科学院沈阳应用生态研究所污染生态与环境工程重点实验室, 沈阳 110016  
刘宛 中国科学院沈阳应用生态研究所污染生态与环境工程重点实验室, 沈阳 110016 liuwan63@hotmail.com 
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中文摘要:
      通过设计大量引物,探索在植物甲基化引物设计中长、短引物的设计方法及其相应的PCR条件,同时比较不同Taq酶对甲基化率影响。结果表明:17~30 bp短引物适合使用Touch-down程序PCR,但特异性差、成功率低;31~50 bp长引物使用55℃退火60℃延伸的PCR条件成功率最高,其中反向引物的长度及Tm小于正向引物较佳;高保真酶因其3’→5’外切酶活性不宜用于甲基化研究,而EpiTaqTM HS在PCR结果中表现最佳。
英文摘要:
      The present study was to explore design methods for short and long primers in plant methylation research and their corresponding PCR conditions employing large number of designed primers and to analyze the effects on methylation rates using three different Taq polymerases. Results showed:a Touch-down PCR was suitable when using short primers of 17~30 bp, however, low specificity and success rates were observed; PCR performed the best when using long primers of 31~50 bp, provided that length and Tm of forward primers>those of reverse primers and 55℃ and 60℃ served as annealing and prolonging temperature, respectively; Super-Fidelity Taq polymerase like Prime STAR® HS isn't suitable for methylation research because of its 3'→5'exonuclease activities. However, PCR performed the best when using EpiTaqTM HS.
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