以牛粪、猪粪和污泥等有机废弃物作为蚯蚓饵料，利用细菌16S rDNA V3区特异扩增及变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）技术，比较了不同饵料及饵料改变对蚯蚓粪细菌群落结构多样性的影响。结果表明：（1）与所取食的饵料相比，蚯蚓粪细菌群落结构多样性均有不同程度的下降，蚯蚓粪与对应饵料之间细菌群落结构相似性范围为15.3%~37.7%；（2）来自不同饵料的蚯蚓粪细菌群落结构相似性范围为17.2%~39.1%，其中以牛粪和猪粪为饵料时，蚯蚓粪细菌群落结构相似性最高，与对应的饵料细菌群落结构相似性相比，提高了近1倍；（3）当饵料由猪粪改为牛粪后，随着时间延长，蚯蚓粪细菌群落结构多样性逐渐下降并趋于稳定，并且蚯蚓粪与饵料牛粪的细菌群落结构相似性由0 d的33.2%逐渐下降到21 d的14.8%并趋于稳定。由此可知，饵料的种类及转换可以影响蚯蚓粪细菌群落结构多样性。