应用地统计学对云南省呈贡县蔬菜生产基地2个典型区域（湖滨区和平坝区）3种微量元素（Pb、Cu和Zn）含量和土壤理化参数（CEC、<0.01 mm粘粒和有机质含量）进行了空间结构分析。结果表明：（1）Pb、Cu和Zn含量在湖滨区低于平坝区, 湖滨区Pb含量的变异系数较大, 达到88.7%；（2）Pb、Cu和Zn含量在不同方向上呈带状各向异性，方向都为WS-NE和SE-NW；（3）Pb、Cu和Zn含量表现出强烈的空间变异，空间相关度介于25%和75%之间。在湖滨区Pb的变异强度高，Cu和Zn在平坝区的变异强度大于湖滨区；（4）CEC在湖滨区受到随机因素引起的变异强度大于平坝区，而粘粒含量和有机质含量的空间相关度均介于25%和75%之间。Pb、Cu和Zn含量与CEC之间呈显著的负相关性；（5）5个相邻的温室大棚湖滨区Pb含量高度变异，Ｃｕ和Ｚｎ的变异系数小。平坝区各指标的变异系数接近。呈贡县蔬菜生产基地表层土壤Pb、Cu和Zn含量在小于1 km2的尺度上表现出明显的空间变异性，空间变异与土壤结构、灌溉、耕作活动、管理水平、施肥水平、大棚蔬菜生产年限、地下水位、农田道路网络和城市排污沟渠的分布等有关。