建立合理的轮作制是解决烟草种植土壤障碍的有效途径。云南植烟地块，在秋冬季节主要以轮作小麦、紫花苕、豆类及蔬菜等作物为主，在云南曲靖和晋宁烟草种植区，选择了小麦收获后留根茬（20 cm左右）翻压后种植烟草（麦-烟），紫花苕子收获后留根茬（30 cm左右）翻压后种植烟草（绿-烟）、豆类（豆-烟）和蔬菜（菜-烟）收获后根茬及秸秆全部移除地外种植烟草的4种轮作模式，研究了不同模式对植烟红壤微生物碳（SMBC）及土壤有机碳（SOC）的影响。结果表明：绿-烟和豆-烟复种模式下，植烟生长期内根区SMBC及SOC均高于麦-烟、菜-烟复种及冬闲地，并且差异达显著或极显著水平；不同复种模式下，SMBC、SOC及SMBC/SOC间呈显著相关性，绿-烟及豆-烟复种模式有利于提高SMBC与SOC含量，延长土壤活性功能，SMBC曲线变化的高峰值均出现在成熟期，其余模式则出现在旺长期；不同模式对提高SMBC与SOC含量影响为：绿-烟＞豆-烟＞麦-烟＞冬闲地＞菜-烟。据此认为土壤SMBC或SMBC/SOC可作为轮作模式影响烟地红壤质量变化的生物学评价指标。