农业非点源污染是造成上海郊区地下水污染的主要因素，定量分析预测农业生产过程氮素的迁移转化规律是有效控制地下水污染的重要环节。以上海市浦东新区新场镇果园村的桃园为研究对象，借助生物地球化学过程模型（DNDC）和长期水文影响评价模型（L-THIA），基于连续观测数据，详细分析了农业生产过程中氮素造成的非点源污染，特别是对周边地表、地下水的影响。结果表明，地表水总氮均值达6.34 mg·L-1，远劣于地表水Ⅴ类标准（≤2.0 mg·L-1）；地下水中总氮均值达16.85 mg·L-1，远劣于地表水Ⅴ类标准（≤2.0 mg·L-1）。约有20%采样点硝态氮含量属于地下水Ⅴ类（>30 mg·L-1）。野外检测数据表明，该区地表水、地下水污染均严重超标，不宜饮用。模型分析显示，水体污染源主要来自桃园生产中施用的肥料，其中就模拟结果的数值可以得出，大约年农田氮输入量的1.7%通过土壤径流进入地表水，约3.5%经过土壤渗漏进入地下水，实测地下水中氮含量占桃园总氮输入量的5.8%。因此，合理调整施肥措施和施肥结构是减少土壤-水体中氮素污染的有效途径。