利用田间观测和模型预测方法对太湖地区一个长期不同施肥处理的稻田生态系统进行了稻季温室气体排放观测和净温室气体排放强度分析。结果表明，不同施肥管理下，稻田土壤有机碳含量不同程度提高，有机无机肥料配施较单施化肥处理显著提高有机碳库储量，并且秸秆处理略高于猪粪处理。与不施肥处理相比，长期施用肥料显著提高了稻田生态系统CH4和CO2的排放量，有机肥料与化肥配施较单纯施用化学肥料下土壤碳（CO2和CH4）排放增加，但化肥配施秸秆与化肥配施猪粪下稻田生态系统CH4和CO2的排放没有显著差异。不同施肥处理下，稻田生态系统净温室效应表现为CFM≈CFS＞CF＞NF，但水稻生产的净温室气体排放强度并没有显著性差异。因此，在提高水稻产量的同时，有机无机配合施肥并没有提高净温室气体的排放强度。