为研究转Chi+Glu双价基因棉对土壤微生物群落功能多样性的影响，揭示其对土壤生态系统的安全性，在大田试验条件下,利用Biolog代谢指纹方法分析了种植转Chi+Glu双价基因棉、转Bt基因棉和常规棉不同生育期土壤微生物群落功能多样性。结果表明,两个转基因棉花土壤微生物数量差异不显著，而转基因棉花土壤细菌和放线菌数量在花期和铃期显著高于常规棉花（P＜0.05），真菌数量在花期和铃期却显著低于常规棉花（P＜0.05）。与非转基因棉花相比，转基因棉花土壤微生物群落碳源利用能力在花期和铃期显著增加，转基因棉花土壤微生物群落的Shannon指数和McIntosh指数在花期、铃期和吐絮期显著高于常规棉花，Simpson指数在花期和铃期则显著低于常规棉花。主成分分析结果显示，花期转基因棉花和常规棉花对31种碳源的利用差异较大。转基因棉花在苗期和蕾期对羧酸类、氨基酸类和多胺类，花期和铃期对糖类、羧酸类和双亲化合物类的利用分别较常规棉高；吐絮期转基因和常规棉花对所有碳源的利用均较低，其中转基因棉花对糖类和羧酸类的利用高于常规棉花。研究结果显示，种植转Chi+Glu双价基因棉花在花期和铃期对土壤微生物群落影响显著，其与转Bt基因棉花无明显差异。