采用PCR—DGGE技术，研究了抗盐碱转基因大豆（SRTS）对根际与非根际土壤氨氧化古菌（AOA）群落多样性的影响。结果表明，在非根际土壤中，SRTS的氨氧化古菌DGGE条带数、多样性指数显著高于其受体亲本黑农35和其他两种大豆处理，而均匀度指数较低；在根际土壤中，SRTS的DGGE条带数和多样性指数均高于其受体亲本，但并不显著，其均匀度指数则显著高于其他处理；每种大豆自身根际与非根际比较显示，SRTS非根际氨氧化古菌DGGE条带数、多样性指数明显高于根际，均匀度指数却低于根际，而其受体亲本与其他两个处理反之。聚类分析结果表明，SRTS的DGGE带谱与其他大豆处理差异较大，且自身非根际与根际处理差异显著，与其受体亲本黑农35相似性很低。测序结果表明，在SRTS处理中特有条带12、15和优势条带13、14均属于Uncultured crenarchaeote。在盐碱土壤生态系统中，SRTS提高了非根际土壤氨氧化古菌群落的多样性，但对根际土壤中氨氧化古菌的群落多样性有一定的抑制作用。