新近发展起来的稳定性同位素探针技术（SIP）与分子生物学方法结合，能够定向发掘复杂环境中参与特定生态过程的微生物资源，是土壤功能微生物原位鉴定的有效手段，具有广阔的应用前景。其原理是环境样品中的功能微生物代谢同化同位素标记的底物，通过对其生物标志物（即DNA、RNA、PLFA等）进行提取、分离、鉴定和比对分析，以此获取介导土壤物质转化和循环过程的功能微生物的直接信息。本文在分别介绍SIP技术在土壤功能微生物原位鉴定过程中的各种前处理方法、生物标志物选择及后续鉴定方法的基础上，综述了SIP技术在研究驱动土壤有机污染物生物降解、碳氮循环等过程的功能微生物原位鉴定的应用进展，展望了SIP技术在土壤微生物基因组学方面的应用前景。