以转基因抗虫棉（GK12、33B）及其亲本对照（SM、5415）为材料，利用稀释平板法和基于rRNA基因PCR扩增的变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术研究了棉田土壤中细菌数量和群落结构在转基因棉种植第一年的动态变化。结果表明：棉田土壤细菌数量随棉花生育期逐渐增加，于花铃中期达到最大值，转基因棉与其亲本之间细菌数量差异不显著。放线菌数量随生育期变化较小，转基因棉与其亲本之间在花铃中期出现显著差异。DGGE结果显示，转基因棉和亲本都存在丰富且相似的条带，聚类分析表明大多数转基因棉和亲本间条带相似性达80%以上，根据不同的生理期分成2个簇；主成分分析表明转基因棉和亲本细菌群落结构没有显著差异，但在不同生育期存在一定差异，表明生育期是影响细菌群落结构的主要因素，与聚类分析结果相吻合。研究结果初步说明转基因棉对棉田土壤细菌数量和群落结构没有显著影响。