南水北调是解决我国北方地区水资源短缺的一项重大调水工程，其中，水环境质量问题是南水北调东线工程的最大隐患。农业面源污染作为南水北调沿线的主要污染源之一，对其进行综合防治，是沿线生态环境和水质安全的重要保证，也是保证南水北调工程成功的关键因素。采用污染负荷估算法，对南水北调东线工程淮河流域段的农业面源污染负荷进行了估算，并分析了其时空分布特征。结果表明，淮河流域内南水北调东线工程沿线的入河农业面源污染年负荷分别为：BOD5约3.6万t·a-1，COD约9.0万t·a-1，TN约1.4万t·a-1，NH+4-N约0.14万t·a-1。其中汛期负荷量占年总量的70％左右；湖东区单位面积面源负荷量比湖西区的相对较大，主要与地形地势等因素有关。研究结果可为沿南水北调东线工程淮河流域段的水环境保护措施和污染控制规划提供科学依据。