根据2004年5月、8月、11月和2005年2月（Ⅰ年度）及2005年8月、11月和2006年2月、5月（Ⅱ年度）共2个水文年对中华鲟幼鱼保护区水域（30°15′~31°45′N、121°30′~122°15′E）15个取样站8个航次的底内动物和底上动物样品，对底内动物和底上动物的ABC曲线、群落结构及其与环境因子变化进行分析。底内动物ABC曲线2个年度变化趋势基本一致，W值在0.2~0.3之间，说明长江口中华鲟保护区底内动物群落以较大型底栖动物为主，底上动物ABC曲线2个年度变化趋势亦一致，W值在-0.06~-0.02之间，说明长江口中华鲟保护区底上动物群落以小型底栖动物为主，且均受到一定程度的干扰。通过对潮下带底内动物和底上动物与环境因子关系的BIOENV分析表明，盐度对长江口中华鲟保护区底上动物群落的分布起重要作用，其次为水温和pH值，与DO和水深的关系不大。底内动物的群落结构在夏季、秋季、冬季与盐度有较大的相关性。